ערכת עיצוב ופתרון של שרשרת פפטיד פוליפפטיד

א. סיכום
פפטידים הם מקרומולקולות מיוחדות כך שהרצפים שלהן יוצאי דופן בתכונות הכימיות והפיזיקליות שלהם.חלק מהפפטידים קשים לסינתזה, בעוד שאחרים קלים יחסית לסנתז אך קשים לטיהור.הבעיה המעשית היא שרוב הפפטידים מסיסים מעט בתמיסות מימיות, ולכן בטיהור שלנו, החלק המקביל של הפפטיד ההידרופובי חייב להיות מומס בממסים לא מימיים, לכן, סביר להניח שממיסים או חוצצים אלו יהיו מאוד לא עולים בקנה אחד עם השימוש של הליכי ניסוי ביולוגיים, כך שלטכנאים חל איסור מוחלט להשתמש בפפטיד למטרותיהם, כך שלהלן מספר היבטים של עיצוב פפטידים עבור חוקרים.

ערכת עיצוב ופתרון של שרשרת פפטיד פוליפפטיד
שנית, הבחירה הנכונה של פפטידים קשים סינתטיים
1. אורך כולל של רצפים מווסתים למטה
קל יותר להשיג פפטידים של פחות מ-15 שאריות מכיוון שגודל הפפטיד גדל וטוהר התוצר הגולמי פוחת.ככל שהאורך הכולל של שרשרת הפפטידים גדל מעבר ל-20 שיירים, כמות המוצר המדויקת היא עניין מרכזי.בניסויים רבים, קל לקבל השפעות בלתי צפויות על ידי הורדת מספר השאריות מתחת ל-20.
2. הקטינו את מספר השאריות ההידרופוביות
פפטידים בעלי דומיננטיות גדולה של שאריות הידרופוביות, במיוחד באזור 7-12 שיירים מקצה ה-C, גורמים לרוב לקשיים סינתטיים.זה נתפס כשילוב לא הולם בדיוק בגלל שמתקבל יריעה בקיפול B בסינתזה."במקרים כאלה, זה עשוי להיות שימושי להמיר יותר משני שיירים חיוביים ושליליים, או להכניס Gly או Pro לתוך הפפטיד כדי לפתוח את הרכב הפפטיד."
3. הורדת ויסות של שאריות "קשות".
"ישנם מספר שאריות Cys, Met, Arg ו-Try שבדרך כלל אינם מסונתזים בקלות."Ser בדרך כלל ישמש כחלופה לא חמצונית ל-Cys.
ערכת עיצוב ופתרון של שרשרת פפטיד פוליפפטיד

שלישית, שפר את הבחירה הנכונה של מסיס במים
1. כוונן את הקצה N או C
יחסית לפפטידים חומציים (כלומר, טעונים שלילי ב-pH 7), מומלצת במיוחד אצטילציה (אצטילציה N-terminus, C terminus שומר תמיד על קבוצת קרבוקסיל חופשית) כדי להגדיל את המטען השלילי.עם זאת, עבור פפטידים בסיסיים (כלומר, טעונים חיוביים ב-pH 7), מומלץ במיוחד אמינציה (קבוצת אמינו חופשית בקצה N ואמינציה בקצה C) כדי להגדיל את המטען החיובי.

2. לקצר או להאריך מאוד את הרצף

חלק מהרצפים מכילים מספר רב של חומצות אמינו הידרופוביות, כגון Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr ו-Ala וכו'. כאשר שאריות הידרופוביות אלו עולים על 50%, לרוב לא קל להמיס אותן.זה עשוי להיות שימושי להאריך את הרצף כדי להגדיל עוד יותר את הקוטב החיובי והשלילי של הפפטיד.האפשרות השנייה היא להפחית את גודל שרשרת הפפטידים כדי להגדיל את הקוטב החיובי והשלילי על ידי הורדת הוויסות של השרידים ההידרופוביים.ככל שהצדדים החיוביים והשליליים של שרשרת הפפטידים חזקים יותר, כך גדל הסיכוי שהיא תגיב עם מים.
3. מכניסים שאריות מסיסות במים
עבור כמה שרשראות פפטידים, השילוב של כמה חומצות אמינו חיוביות ושליליות יכול לשפר את מסיסות המים.החברה שלנו ממליצה לשלב את ה-N-terminus או C-terminus של פפטידים חומציים עם Glu-Glu.ניתן קצה N או C של הפפטיד הבסיסי ולאחר מכן Lys-Lys.אם לא ניתן למקם את הקבוצה הטעונה, ניתן למקם את Ser-Gly-Ser גם בקצה N או C.עם זאת, גישה זו אינה פועלת כאשר לא ניתן לשנות את הצדדים של שרשרת הפפטידים.